После распада великой империи Чингисхана Монголия еще некоторое время сохраняла известную мощь. Ее политическое и военное влияние распространялось и на Китай, и на Тибет. В XVI веке монгольский князь Алтан-хан возвел тибетского ламу Соднама Джамцхо (главу буддийской секты «Желтые шапки») в титул далай-ламы - первосвященника ламаистской церкви. В обмен тот объявил Алтан-хана воплощением почитаемого всеми монголами императора Хубилая, внука Чингисхана. Алтан-хан, получив, таким образом, религиозное освящение своей власти, начал активно насаждать в среде монгольской аристократии ламаистский буддизм. В XVII веке благодаря князю Дзанабадзару, который некоторое время воспитывался в Тибете, Монголия переживает подлинный духовный расцвет. Буддийские монахи путешествуют по степям, обращая народ в свою веру. Тем временем Джунгарское ханство, лежавшее западнее, желая распространить свое влияние на восток, угрожает Тибету и захватывает территорию Внешней Монголии.

Дзанабадзар ищет защиты в Китае у маньчжурского императора. Маньчжурская администрация оказывает монголам помощь в строительстве каменных монастырей - вокруг них начинают селиться люди, что способствует переходу населения к оседлости. Китайцы предоставили монгольскому священству большие привилегии, и к началу XX века каждый третий мужчина в Монголии был буддийским монахом, а ламаистское священство в целом - крупнейшим собственником. В 1911 году, после падения последнего китайского императора династии Цин, монголы решили вручить свою судьбу в руки богдо-гэгэна (главы ламаизма в Монголии, воплощенного Будды) Джеб-дзундамбы Хутухты VIII, который объявляет о выделении Внешней Монголии из Китая и устанавливает в стране теократическую монархию. В 1921 году пришедшая к власти Монгольская народно-революционная партия ограничила полномочия богдо, а после его смерти в 1924 году стала единолично править страной. Ламы начинают поиск нового богдо, однако вскоре попадают под «каток» культурной революции. Коммунисты объявляют традицию поиска перевоплощенного Будды вне закона.